Сергей Константинович Ситников родился 18 января 1963 года в городе Костроме.
В 1986 году окончил историко-педагогический факультет Костромского педагогического института по специальности «Учитель истории и обществоведения, методист воспитательной работы».
С 1987 по 1991 г. — инструктор отдела комсомольских организаций, заведующий идеологическим отделом, затем секретарь Костромского областного комитета Всесоюзного ленинского коммунистического союза молодежи (ВЛКСМ).
С февраля 1991 г. был главным редактором костромской областной молодежной газеты «Молодой ленинец».
С 1992 по 1998 г. работал председателем Комитета по делам молодежи, семьи и детства Костромской области.
В 1998-2004 гг. возглавлял Костромскую государственную телерадиокомпанию.
Одновременно, с сентября 2002 г. по декабрь 2004 г., — председатель калининградской государственной телевизионной и радиовещательной компания (ГТРК) «Янтарь», заместитель директора «Радио Балтика» в Санкт-Петербурге. С августа по декабрь 2004 г. — руководитель холдинга «Балтийская медиагруппа».
С января 2005 г. по июль 2007 г. возглавлял костромской филиал Всероссийской государственной телевизионной и радиовещательной компании (ГТРК «Кострома»).
В 2005-2007 гг. — депутат Костромской областной думы IV созыва. 4 декабря 2005 г. Сергей Ситников был избран по списку костромского отделения партии «Единая Россия». В Думе был членом комитета по регламенту и депутатской этике. В июле 2007 г. досрочно сложил депутатские полномочия в связи с переходом на госслужбу.
В июле 2007 г. был назначен заместителем руководителя Федеральной службы по надзору в сфере массовых коммуникаций, связи и охраны культурного наследия (Россвязьохранкультура) Бориса Боярскова. В мае 2008 г. Россвязьохранкультура была разделена на два органа: Федеральную службу по надзору в сфере связи и массовых коммуникаций (Россвязькомнадзор) и Федеральную службу по надзору за соблюдением законодательства в области охраны культурного наследия (Росохранкультура).
С июля по декабрь 2008 г. занимал должность заместителя руководителя Россвязькомнадзора Бориса Боярскова. 3 декабря 2008 г. ведомство было преобразовано в Федеральную службу по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
С 8 декабря 2008 г. по 13 апреля 2012 г. Сергей Ситников являлся руководителем Роскомнадзора.
С 2012 г. – губернатор Костромской области. 13 апреля 2012 г. указом президента РФ Дмитрия Медведева был назначен врио главы региона. На посту руководителя области сменил Игоря Слюняева (Албина).
28 апреля 2012 г. Костромская областная дума наделила Сергея Ситникова полномочиями губернатора Костромской области по представлению главы государства. В тот же день состоялась церемония его вступления в должность.
15 мая 2015 г. президент РФ Владимир Путин принял досрочную отставку Сергея Ситникова с поста губернатора, назначив его временно исполняющим обязанности руководителя Костромской области.
13 сентября 2015 г. Ситников одержал победу на выборах губернатора Костромской области, получив 65,62% голосов избирателей (баллотировался от партии «Единая Россия»). Его ближайший соперник, кандидат от КПРФ Валерий Ижицкий, набрал 21,43%. 15 октября того же года Сергей Ситников официально вступил в должность.
В единый день голосования 13 сентября 2020 г. вновь был избран губернатором Костромской области. За него проголосовали 64,65% избирателей (баллотировался от партии «Единая Россия»). Второе место занял кандидат от КПРФ, бывший вице-спикер Костромской облдумы Валерий Ижицкий, с результатом 16,30%. 15 октября 2020 г. Сергей Ситников официально вступил в должность.