Заповедник создан по кластерному типу и включает в себя 9 изолированных участков общей площадью 14 086,27 гектаров, в том числе территорию островов и акваторию вокруг данных островов. Кластерные участки заповедника административно принадлежат двум муниципальным образованиям Ленинградской области – Выборгскому и Кингисеппскому районам. Территория заповедника находится в пограничной зоне Российской Федерации с Финляндией и Эстонией.

Учреждение заповедника является важной природоохранной мерой, направленной, в том числе, на реализацию Плана действий Хельсинской конвенции по Балтийскому морю по (ХЕЛКОМ), а также ряда международных конвенций.

Среди задач, стоящих перед новой заповедной территорией, – сохранение традиционных мест стоянок пролетных птиц и мест массового гнездования водоплавающих и околоводных видов, а также мест щенения и залежек серого тюленя и кольчатой нерпы, нереста и нагула ценных видов промысловых рыб.

Как отметил заместитель Министра природных ресурсов и экологии Мурад Керимов: "Антропогенная нагрузка в Финском заливе возрастает. В условиях интенсивного хозяйственного развития Балтийского региона особый режим охраны природных комплексов позволит поддержать биологическое разнообразие, а некоторые виды спасти от исчезновения. Кроме того, заповедник – это место, куда стремятся любители природы, и которое развивается как центр экологического туризма и просвещения. Одним таким центром в нашей стране становится больше".